Гепариназа я могу разлагать гепарин и гепаран сульфат, что делает его мощным инструментом для структурных исследований гепарина, клинического диагноза и контроля качества промышленного качества.

Гепариназа I избирательно расщепляет связи между глюкозамином и о-сульфатированной идуроновой кислотой в гепарине и гепаран сульфат (относительная активность приблизительно 3: 1), причем основные продукты являются дисахаридами. Этот фермент также может расщеплять сайт связывания пентасахаридов антитромбина III в молекулах гепарина.