Гепариназа I способна расщеплять гепарин и гепарансульфат, что делает ее мощным инструментом для структурных исследований гепарина, клинической диагностики и промышленного контроля качества.

Гепариназа I избирательно расщепляет связи между глюкозамином и O-сульфатированной идуроновой кислотой в гепарине и гепарансульфате (относительная активность примерно 3:1), при этом основными продуктами являются дисахариды. Этот фермент также может расщеплять пентасахаридный сайт связывания антитромбина III в молекулах гепарина.